אימון פונקציונלי מאפשר לאמן את הגוף לא כמכלול של שרירים מבודדים, אלא כמערכת שלמה המסוגלת לבצע באופן איכותי את הפעולות הכי מגוונות – ממשימות של חיי היום יום, עד לפעילויות גופניות.
אימון פונקציונלי מאפשר לאמן את הגוף לא כמכלול של שרירים מבודדים, אלא כמערכת שלמה המסוגלת לבצע באופן איכותי את הפעולות הכי מגוונות – ממשימות של חיי היום יום, עד לפעילויות גופניות. התנועות, השמשות באימון, לרוב מחכות פעולות יום יומיות, ותודות לכך, הכוח הפונקציונלי של השרירים המעורבים משתפר. השרירים פועלים ומתכווצים באופן הכי פזיולוגי וטבעי להם, בדיוק באופן בהם הם פועלים ביום יום. משתמשים במכשירים המאפשרים לבצע תנועות שלא במסלול קבוע, כמו במכשירים רגילים, אלא באופן חופשי (למשל, בולמי זעזועים, כדורים ועוד). באופן זה מופחת עומס מיותר על המפרקים ועמוד השדרה, והסיכויים לקבל פציעות הקשורות להיווצרות מצב לא טבעי של חלקים בגוף בזמן מאמץ גופני פוחתים. לפיכך, האימון הופך יעיל יותר.
אימונים פונקציונליים כרוכים בפעילות של כל שרירי הגוף, כולל השרירים העמוקים יותר – השרירים המייצבים, הנחוצים לו בחיי היום יום: ללמוד לקום ולשבת בקלות או לשבת בכורסה עמוקה, לקפץ מעל שלוליות באופן טכני, להרים ולהחזיק תינוק, לשמור על שיווי משקל על הקרח – וניתן להמשיך את הרשימה עד אינסוף.
אחד מהמבשרים של האימון הפונקציונלי היה הפילאטיס. היה מומלץ לבצע כפיפות בטן רגילות בקצב איטי, שעקב כך הפעולה כללה את השרירים המייצבים, האחראיים על היציבה. פעולה בלתי רגילה שכזו דורשת מאמץ רב בהתחלה, גם עבור אנשים שריריים ביותר.
שיטת אימונים הנידונה מאפשרת פיתוח סוגים שונים של מאמצים פיזיים, כגון: סיבולת, גמישות, קואורדינציה, זריזות וחיזוק השרירים.